Kościół Bożego Ciała w Gdańsku powstał jako część katolickiego zespołu szpitalnego pod takim samym wezwaniem. Pierwsze wzmianki o nim znajdują się w aktach beatyfikacyjnych Doroty z Mątowów z 1385 roku. Najwcześniejsze potwierdzone informacje o szpitalu i kaplicy pochodzą z 1395 roku. Gotycka kaplica szpitalna została rozbudowana pod koniec XV stulecia i pełniła odtąd funkcję prezbiterium powiększonej świątyni. Rozbudowa kaplicy została rozpoczęta jeszcze przed 1454 roku i została przerwana w związku z wybuchem wojny trzynastoletniej (1454–1466). Kościół z powodu swego położenia poza murami miejskimi był niszczony i odbudowywany co najmniej trzykrotnie. Budynek w obecnej formie powstał w wyniku odbudowy po oblężeniu w 1577 roku.
W latach 1577–1592 Kościół Bożego Ciała był kościołem filialnym Kościoła Mariackiego, z którego pochodzą przeniesione zbędne ławki kościelne – tak można tłumaczyć ich oznakowanie wysokimi numerami. Od 1592 roku kościół pełnił funkcję ewangelickiego kościoła parafialnego. Zmiana funkcji kościoła spowodowała decyzję o rozbudowie świątyni. W latach 1688–1689 do korpusu budynku od strony północnej została dobudowana, według projektu budowniczego Barthela Ranischa, prostopadła barokowa nawa. W 1707 roku przy południowej ścianie nawy zbudowano jedyną w Gdańsku ambonę zewnętrzną. Postanowiono w ten sposób upamiętnić kaznodzieję Jakuba Hegge, który już w latach 20.XVI w. głosił u stóp Góry Gradowej pierwsze protestanckie kazania, rozpowszechniając w ten sposób nauki ks. doktora Marcina Lutra. Drewnianą ambonę ozdobiono figurami apostołów, baldachim zwieńczono figurą pelikana karmiącego własną krwią swe dzieci – symbolem Chrystusa.
Czas II wojny światowej był dla Kościoła Bożego Ciała bardzo łaskawy, gdyż jako jedna z dwóch świątyń gdańskich nie uległ on zniszczeniom. Zachowało się pełne wyposażenie wnętrza, stłuczone zostały jedynie witraże. We wnętrzu obecnie najcenniejszymi elementami są: XVII-wieczny ołtarz główny z kopią obrazu Święta Rodzina Rafaela, obraz Andrzeja Stecha z 1696 Chrystus Ukrzyżowany, malowidło na płótnie Sąd Ostateczny autorstwa Krystiana Fryderyka Falkenberga z 1709 roku zdobiące sufit. Uwagę zwracają także drewniane figurki apostołów, figura pelikana symbolizującego Chrystusa (przeniesione do wnętrza z ambony zewnętrznej), ambona z 1794 r., chrzcielnica oraz barokowy prospekt organowy z 1766 r. ozdobiony polichromowanymi herbami fundatorów instrumentu, m. in. Gralathów, Groddecków, Conradich, Schumanów i Buschów. We wnętrzu kościele zachowała się dolna kondygnacja pierwotnie dwukondygnacyjnej bogato rzeźbionej XVII-wiecznej empory ozdobionej herbem Gdańska. Widoczne w różnych miejscach świątyni wizerunki herbu miasta były wyrazem wdzięczności dla magistratu za wsparcie finansowe szpitala i kościoła.
Szczególnie cennym zabytkiem jest namalowany w roku 1596 obraz Hansa Vredemana de Vriesa Alegoria grzechu i zbawienia (obecnie w Muzeum Narodowym w Gdańsku). Do 1944 r. w kościele znajdował się przypisywany Łukaszowi Cranachowi młodszemu portret Filipa Melanchtona (obecnie w Muzeum Narodowym w Gdańsku).
Pod ławkami znajduje się wejście do podziemnego pomieszczenia, w którym złożonych jest kilkanaście trumien. W krypcie pochowani zostali fundatorzy i proboszczowie kościoła. Jedna z trumien pozostaje otwarta i spoczywają w niej zmumifikowane szczątki mężczyzny, prawdopodobnie pastora tego kościoła. Na tablicy trumiennej widoczne jest imię Teodor i dwie daty: 1771–1813.
Do 1945 roku przy kościele istniał cmentarz Bożego Ciała oraz przytułek (Heilig-Leichnam-Hospital). Wokół kościoła zachowały są piętrowe budynki dawnego szpitala z połowy XIX wieku, pełniące obecnie funkcje mieszkalne. W 1916 roku świątynia została uszkodzona przez uderzenie pioruna, co spowodowało przeprowadzenie prac remontowych. Oprócz nieznacznych zniszczeń w czasie II wojny światowej kościół uległ licznym grabieżom – wywieziono organy, zaginął mechanizm zegara z wieży wraz z dwoma dzwonami, ograbiono podziemne krypty. Na początku lat. 60. XX wieku przeprowadzono rewaloryzację zabytku, a w 1974 roku kościół wraz z plebanią został przekazany kościołowi polskokatolickiemu, w którego posiadaniu obiekt pozostaje do dnia dzisiejszego.